Neretva izvire u BiH na nadmorskoj visini od 1095 metara ispod planina Zelengore i Lebršnik.
Neretva od izvora prema ušću teče od jugoistoka prema sjeverozapadu, tvoreći tako i sjevernu granicu Hercegovine. Nedaleko od Konjica i ramskog kraja skreće prema jugu, i teče u smjeru od sjevera prema jugu.
Njene pritoke u gornjem toku su Repešnica, Rama, Rakitnica i Ljuta s desne, te Lađanica, Župski Krupac, Bukovica i Bijela s lijeve strane, kao i Krupac, Trešanica, Idbarčica (Baščica), Kraljuščica i Neretvica. U donjem toku to su Bregava i Trebižat.
U gornjem toku, sve do Čapljine, Neretva je kanjonska rijeka, a zapadno od Konjica ulijeva se u akumulacijsko jezero Jablanica. Pored Gabele se širi u deltu površine 196 km2 (koja je pod zaštitom UNESCO-a od 1992.), a od Opuzena se dijeli na dvanaest rukavaca (od kojih su 3 protočna). Plovna je od morske obale do Metkovića (20 km). U Jadransko more utječe u blizini Rogotina i Ploča.
U donjem toku Neretve dvije su struje: jedna teče k moru i slatkovodna je, a druga teče u suprotnom pravcu i pod utjecajem je mora i plime, zbog čega je u Neretvi vidljivost ponekad samo 15-ak centimetara. Gradnjom brana na Neretvi smanjio se je dotok muljnih naslaga, a otjecanje je ostalo isto zbog čega su razni objekti na dnu postali vidljiviji te su arheolozi mogli otkriti drevna nalazišta.